Fassade

Die mächtige geschlossene 81 m hohe Doppelturmfassade besteht aus weißem Untersberger Marmor. Der Rest des Gebäudes wurde aus dem Konglomerat des Mönchsbergs aufgebaut. Rein aufgrund der Form und der nüchternen romanisierenden Gestaltung des Langhauses ist der Bezug zu den Vorgängerbauten und die Verbindung und Kontinuität in der Geschichte des Erzbistums gegeben.

Die Fensterrahmen der zweigeschossigen Fassade sind mit Löwen- und Steinbockköpfen versehen, den Wappentieren des Erzstifts und des Erbauers des Domes, Erzbischof Markus Sittikus von Hohenems.

Die Eingangsportale werden von vier Kolossalfiguren bewacht. Außen befinden sich die Patrone Rupert (Salzkufe) und Virgil (Kirchenmodell) von Bartholomäus van Opstal (ca. 1660). Die Inneren Statuen stellen Petrus und Paulus dar, geschaffen von Bernhard Michael Mandl (1697). Auf den Sockeln der Statuen befinden sich die Wappen der Erzbischöfe Guidobald und Ernst von Thun und Hohenstein.

Auf dem ersten Gesims befinden sich die vier Evangelisten von einem unbekanntem Meister. Über dem Giebel des Fensters der Mittelachse schweben zwei Engel, die eine Krone halten. Diese krönt die Marienstatue des Domplatzes, wenn sie mittleren Dombogen aus betrachtet wird.

Die Wappenkartuschen im Giebelaufsatz zeigen die Wappen von Markus Sittikus von Hohenems (Steinbock) und Paris Graf von Lodron (Löwe). An der Seite stehen Elias und Moses. Über Allem steht auf dem Giebel Christus Salvator, der Auferstandene. Diese Figuren dürften aus der Werkstatt von Tommaso die Garona um 1660 stammen.

Alles in allem präsentiert die Aussenfassade den Auftakt zum christoligischen Programm des Innenraumes.

Die Torgitter zur Vorhalle zeigen die Weihejahre 774, 1628 und 1959. Von der Vorhalle gelangt man durch drei große Bronzetore in das Innere Domes. Diese wurden 1957/58 von Giacomo Manzù (Tor der Liebe), Toni Schneider-Manzell (Tor des Glaubens) und Ewald Mataré (Tor der Hoffnung) geschaffen.

Das Innere

Die Innenräumlichkeiten bestehen aus einem dreischiffigen Langhaus, einem Querschiff, einer Vierungskuppel und dem Altarraum.

Das 32 m hohe Mittelschiff, eine tonnengewölbte Halle, wird durch fünf Joche eingeteilt, welche durch Gurtbögen streng getrennt sind.

Die beiden Seitenschiffe sind durch fortlaufende Kapellenreihen gegliedert, welche wiederum als Weiterführung der Jocheinteilung des Mittelschiffes zu sehen sind. Zum Hauptschiff  und zueinander öffnen sich die Kapellen durch Rundbögen.

Über den Kapellenreihen befinden sich Oratorien, die von den Türmen aus zu begehen und durch die Empore verbunden sind. Sie öffnen sich zum Hauptraum durch Doppelfenstertüren und Balkone.

Über die quadratische Vierung spannt sich die 71 m hohe Tambourkuppel.

Den Abschluss findet der Betrachter in einer Dreikonchenanlage, die aus einem tonnengewölbten, einjochigen, halbrund geschlossenen Chor und den gleich gestalteten Nebenarmen besteht.

Die Lichtführung baut sich von einem nur indirekt beleuchteten Mittelschiff bis zum von Licht durchflutenden Zentrum, nämlich der Vierung und dem Altarraum auf.

Die Stuckarbeiten stammen aus den Werkstätten von Giuseppe Bassarino, Andrea Orsini u. a. und wurden wahrscheinlich von Santino Solari selbst entworfen. Sie stammen vermutlich aus den Jahren 1631-35. Der Dom wird so durch den weißen, in Vertiefungen und Unterschneidungen schwarz gefassten Stuck ausgeschmückt und dessen Gliederung betont. Ranken, Putten und Akanthusblattformen sowie das Eierstabmuster sind zu sehen. Diese Form des Stucks taucht in gleicher Weise in den Anlagen von Hellbrunn wieder auf.

Im Hauptschiff befinden sich Deckengemälde von Fra Arsenio (Donato) Mascagni und Ignazio Solari (Sohn des Santino Solari). Sie zeigen in 15 großflächigen Bildern Szenen aus dem Leben und der Passion Christi bis zur Kreuzigung. 10 kleinflächigere Bilder stellen Ausschnitte aus dem Leben Christi, von der „Hochzeit zu Kana“ bis zu „Jesus auf der Tempelzinne“ dar.

Seitenkapellen

In jeder der acht Kapellen befindet sich ein Seitenaltar. Auf der nördlichen Seite befindet sich als erstes der Altar der Taufe Christi. Hier befindet sich auch das romanische Taufbecken aus dem Konradinischen Dom. Angeschlossen daran durchschreitet man die Kapellen der Heiligen Anna mit dem Altarblatt von Joachim von Sandrart, der Verkärung Christi und Christus am Kreuze mit dem Altargemälde von Karel Škréta. Auf der Südseite verlaufen die Kapellen der Hll. Rochus und Sebastian, des Hl. Karl Borromäus, des hl. Martin Hieronymus mit Altarblättern von Johann Heinrich Schönfeld und schließlich der Kapelle der Sendung des Hl. Geistes mit dem Altarblatt von Karel Škréta. Hinzu kommen in jeder Kapelle neben dem Altar eigene von Stuck eingefasste Deckenfresken, die 1881 von Ludwig Götzle ausgeführt wurden.

Altarraum

Der Hochaltar aus dem Jahre 1628 wurde wahrscheinlich von Dombaumeister Santino Solari selbst entworfen, der aus einem frei stehenden Marmoraufbau besteht. Das von Mascagni geschaffene Altarblatt stellt die Auferstehung Christi dar, also das Ziel des christologischen Programms der Kirche. Darüber stehen links und rechts die Patrone Rupert und Virgil sowie Allegorien auf Religio und Caritas. Die Altarfiguren stammen vermutlich von Hans Pernegger d. J. und Hans Waldburger. Dazwischen befindet sich der Spruch „Notas mihi fecisti vias vitae“ („Du hast mir die Wege des Lebens gewiesen“) aus Psalm 16, 11. Auf dem Giebel sitzen drei Engel, von welchen einer ein Kreuz in Händen hält.

Zu beiden Seiten des Hochaltars sehen wir die Epitaphe der Erzbischöfe Markus Sittikus von Hohenems († 1619) und Paris Graf von Lodron († 1653). Auf den von Todessymbolen und trauernden Putti umrahmten Medaillons befinden sich die Portraits der Dombauherren. Eingelassen in der Wappenkartusche darüber ist das jeweilig dazugehörige Wappen zu sehen.

Unterhalb der Sakristeibalkone befinden sich thematisch zugehörige Gemälde. An der Nordwand „Grablegung Christi“ von Ignazio Solari und an der Südwand „Christus in der Vorhölle“ von Andrea Macagni.

Im Gewölbe des Altarraumes befinden sich Fresken mit Auferstehung und Himmelfahrt Christi.

Unter dem Volksaltar aus dem Jahre 2005 steht der Reliquienschrein mit den Gebeinen der Dom- und Diözesanpatrone St. Rupert und St. Virgil. Er stammt aus dem Jahre 1628, besteht aus Ebenholz und ist mit Silberornamenten und Achatsteinen besetzt.

Querarme

In den Querarmen, die dem Altarraum ähnlich gestaltet sind, finden wir an der Nordseite einen Franziskuszyklus und an der Südseite einen Marienzyklus.

Auf dem Altarblatt der Nordseite ist die Verklärung des heiligen Franz von Assisi. Der aus vergoldetem Messing bestehende Tabernakel wird von den vier Evangelisten aus Silber flankiert. Im Zentrum sieht man ein getriebenes Relief des letzten Abendmahls und das Wappen von Erzbischof Paris Graf Lodron.

Zu beiden Seiten des Franziskus-Altars befinden sich die Epitaphe der Erzbischöfe Leopold Anton Eleutherius Reichsfreiherr von Firmian († 1744), Guidobald Graf von Thun und Hohenstein († 1668), Maximilian Gandolf Graf von Kuenburg († 1687) und Jakob Ernst Graf von Liechtenstein-Kastelkorn († 1747). Die Fresken an Decke und Wänden zeigen Szenen aus dem Leben des Hl. Franziskus.

Die Ausgestaltung des südlichen Querarmes widmet sich dem Thema der Gottesmutter. Das Altarblatt von Ignazio Solari zeigt die Legende von Maria Schnee. Auf dem Altar befindet sich in einer Figurennische die Kopie des Gnadenbildes aus Altötting. Die Epitaphe in diesem Querarm stehen für Andreas Jakob Graf von Dietrichstein († 1753), Johann Ernst Graf von Thun und Hohenstein († 1709), Franz Anton Fürst von Harrach zu Rorau († 1727) und Sigmund Graf von Schrattenbach († 1771). Dem Thema entsprechend sind in den Fresken Stationen aus dem Leben Mariens zu sehen.

Kuppel

Die 71 m hohe Tambourkuppel gliedert sich in zwei Reihen zu je acht Fresken aus dem Alten Testament. Die alttestamentarischen Szenen werden als typologische Entsprechungen des Altarsakramentes betrachtet.

In den Trompen zwischen den Vierungspfeilern finden sich die vier Evangelisten sowie die Wappen von den Erzbischöfen Paris Graf von Lodron und Erzbischof Andreas Rohracher. Lodron steht für die erste Einweihung und Rohracher für die letzte Einweihung des Domes nach Wiederherstellung nach dem Zweiten Weltkrieg.

Taufbecken

Die erste Kapelle im nördlichen Seitenschiff ist der Taufe Christi geweiht. Dementsprechend befindet sich dort das Taufbecken. Es stamm aus dem Konradinischen Dom. Der Zinnguss aus dem Jahre 1321 ruht auf den Rücken von vier bronzenen Tragelöwen, die bedeutend älter sind und aus dem 12. Jahrhundert stammen.

Am Beckenrand stehen in einer Arkadenreihe Bischöfe und Heilige der Erzdiözese Salzburg. Darüber schließt sich um das Becken ein Schriftband mit dem Spruch: „Ein Gefäß bin ich, aus Erz gefertigt, die Sünden zu tilgen. Durch mich geschieht wahre Reinigung in heiliger Waschung. Ganz wird gereinigt, was durch das Taufbad gewaschen. M. Heinrich hat mich geschaffen im Jahre des Herrn 1321“. Um den Beckenboden schließt sich ebenfalls ein Spruchband: „Göttliche Gnade, Heilung der Sünden, ein reines Herz werde durch des Brunnens flut. Das alte Gesetz führte in die Irre, das neue Gesetz hat mich geheiligt“.

Der Deckel wurde 1959 von Toni Schneider-Manzell geschaffen. Hier werden in Niellotechnik alttestamentarische Entsprechungen der Taufe dargestellt.