15 v. Chr. übernahmen die Römer die Herrschaft über das Gebiet des keltischen Königreiches. Sie hatten schon länger ein Auge auf das hoch qualitative norische Eisen geworfen. Sie bauten ihre Stadt genau an der Stelle, wo sich heute die Altstadt Salzburgs befindet. Kaiser Claudius erhob die Stadt zum „Municipium Cladium Iuvavum“. Somit war sie eine der wichtigsten Städte in der römischen Provinz Noricum. Archäologische Grabungen erbrachten den Nachweis für die Existenz eines gehobenen Bürgertums und eines ausgedehnten Handwerkerviertels – ja sogar eine Amphore mit verschiedenen Meeresfisch- und Krebsarten wurde gefunden, was ein Beweis für ausgedehnte Handelstätigkeit wäre.

Die Zeiten waren aber stets relativ unsicher: 170 n. Chr. verwüsteten die Markomannen das blühende Iuvavum. Man baute die Stadt zwar wieder zu einem Teil auf, es ging jedoch nur mehr langsam vorwärts. Die Bedrohung durch die bösen Germanen war schließlich etwas unangenehm.

488 zogen dann die Römer auf Empfehlung König Odoakers wieder ab nach Italien. Nur ein kleiner Bevölkerungsrest, der aus Keltoromanen bestand, blieb übrig. Über die Zeit der Völkerwanderung sind so gut wie keine schriftlichen Daten gesichert. Jedoch wissen wir, dass im 6. Jahrhundert die Bajuwaren zumindest das Gebiet des heutigen Flachgau und Tennengau besiedelten – also wohl auch die Gegend des heutigen Stadtgebietes. Außerdem ist bekannt, dass Theodbert, der Sohn des Bayernherzogs, im Bereich des heutigen Nonnbergs seine Residenz hatte.